Dr. Michael Scherer | |
Teamleiter “Computational and Single-Cell Epigenomics” | |
Division of Cancer Epigenomics, German Cancer Research Center (DKFZ) | |
Beruflicher Werdegang
Ich habe Bioinformatik an der Universität des Saarlandes studiert und meine Dissertation am Max-Planck-Institut für Informatik sowie an der Universität des Saarlandes durchgeführt. Meine Postdoc-Ausbildung am CRG in Barcelona konzentrierte sich auf epigenomische Methoden auf Einzelzellniveau, die ich in meiner derzeitigen Position am DKFZ fortsetze.
Fachgebiete
Ich verfüge über Fachkenntnisse im Bereich der computergestützten Epigenomik mit besonderem Schwerpunkt auf der DNA-Methylierung. Darüber hinaus liegt ein starker Schwerpunkt meiner Arbeit auf dem Verständnis epigenetischer (Dys-)Regulation auf Einzelzell-Ebene.
- Entwicklung und Anwendung computergestützter Methoden zur Analyse von epigenomischen Daten
- Untersuchung von epigenetischen Mechanismen der Tumorentstehung und von Therapieresistenzen
- Entwicklung und Anwendung von Einzelzellmethoden für epigenetische Modifikationen
- Lungenkrebs
- COPD
- Bianchi A, Scherer M, Zaurin R, Quililan K, Velten L, Beekman R. scTAM-seq enables targeted high-confidence analysis of DNA methylation in single cells. Genome Biol. 2022 Oct 28;23(1):229. doi: 10.1186/s13059-022-02796-7. PMID: 36307828; PMCID: PMC9615163.
- Scherer M, Nazarov PV, Toth R, Sahay S, Kaoma T, Maurer V, Vedeneev N, Plass C, Lengauer T, Walter J, Lutsik P. Reference-free deconvolution, visualization and interpretation of complex DNA methylation data using DecompPipeline, MeDeCom and FactorViz. Nat Protoc. 2020 Oct;15(10):3240-3263. doi: 10.1038/s41596-020-0369-6. Epub 2020 Sep 25. PMID: 32978601.
- Scherer M, Singh I, Braun MM, Szu-Tu C, Sanchez Sanchez P, Lindenhofer D, Jakobsen NA, Körber V, Kardorff M, Nitsch L, Kautz P, Rühle J, Bianchi A, Cozzuto L, Frömel R, Beneyto-Calabuig S, Lareau C, Satpathy AT, Beekman R, Steinmetz LM, Raffel S, Ludwig LS, Vyas P, Rodriguez-Fraticelli A, Velten L. Clonal tracing with somatic epimutations reveals dynamics of blood ageing. Nature. 2025 Jul;643(8071):478-487. doi: 10.1038/s41586-025-09041-8. Epub 2025 May 21. PMID: 40399669; PMCID: PMC12240852.
Dr. Belen Otero Carrasco | Postdoctoral Researcher | ||||
Sergio Manzano Sanchez | PhD Student |
Lungenforschung - Projekte
1. Untersuchung des Verlusts des Y-Chromosoms beim Lungenadenokarzinom: Lungenkrebszellen männlicher Patienten verlieren häufig das Y-Chromosom, was mit einem schlechten klinischen Verlauf einhergeht. Wir wollten die Mechanismen verstehen, die diesem klinischen Verhalten zugrunde liegen.
2. Identifizierung selten überexprimierter Onkogene: Die Krebsforschung konzentriert sich oft auf sehr häufige Ereignisse, während in vielen Fällen keine typischen Onkogene überexprimiert werden. Wir wollten solche seltenen Ereignisse identifizieren und untersuchen, ob wir sie als neue therapeutische Angriffspunkte nutzen können.