Dr. Bachar Cheaib | |
Nachwuchsgruppenleiter | |
Zentrum für Infektiologie | Abt. Med. Mikrobiologie und Hygiene | |
Kurzprofil
Ende Februar 2023 begann Dr. Bachar Cheaib als Nachwuchsgruppenleiter in der Abteilung für Infektionskrankheiten des Universitätsklinikums Heidelberg, um an der Dynamik des Mikrobioms von Lungenerkrankungen zu arbeiten. Nach seinem Abschluss in Biologie an der libanesischen Universität Beirut absolvierte er zwei Masterstudiengänge in Bioinformatik an der Université de Rennes und der Université Blaise Pascal, Frankreich. Im Anschluss promovierte er an der Université Laval, Kanada. Im Jahr 2018 wechselte er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an die Universität Glasgow, Schottland, um zwei Postdocs zu absolvieren, die sich mit der Nischenmodellierung der Mikrobiomdynamik an der James Watt Engineering School und mit der molekularen Epidemiologie von Tier- und Humanparasitologie an der School of Biodiversity, One Health, and Veterinary Medicine (SBOHVM) befassen.
Expertise
Bachar Cheaib ist Spezialist für Mikrobiomanalysen und NGS-Metagenomik. Im Rahmen des TLRC/DZL Forschungsprogramms untersucht seine Gruppe die Dynamik und Entwicklung von Mikrobiomen, die mit Lungenkrankheiten wie Mukoviszidose, Bronchiektasie und COPD in Verbindung stehen.
Die Gruppe will grundlegende und angewandte Forschungsfragen zu den funktionellen Interaktionen innerhalb der Lungenmikrobiota zwischen Kommensalen und Pathogenen beantworten.
Mikrobiomdynamik und Überwachung von Pathogenen im Zusammenhang mit Lungenerkrankungen:
- Identifizierung von räumlich-zeitlichen Mustern, die für das Verständnis der Interaktionsdynamik zwischen Pathogenen (Pseudomonas aeruginosa) und Kommensalen für Lungenerkrankungen relevant sind.
- Untersuchung der funktionellen Wechselwirkungen zwischen Wirt und Pathogenen sowie Wirt und Kommensalen durch die Kombination von räumlichen Omics-Technologien mit Einzelzellen, um relevante Biomarker für frühe Infektionen in erkranktem Lungengewebe zu identifizieren.
- Modellierung der Mikrobiota-Progression von den oberen zu den unteren Atemwegen im Rahmen der Therapie (Antibiotika, Diagnostika, Probiotika, Immunmodulation) verschiedener Lungenkrankheiten, vor allem immungeschwächten Patienten mit Mukoviszidose (CF) und COPD.
- Cystische Fibrose (Mukoviszidose) und Bronchiektasien
- Chronisch Obstruktive Lungenerkrankung
- Schaal, P., Cheaib, B., Kaufmann, J. et al. Links between host genetics, metabolism, gut microbiome and amoebic gill disease (AGD) in Atlantic salmon. Anim Microbiome 4, 53 (2022). https://doi.org/10.1186/s42523-022-00203-x
- Cheaib, B., et al. Genome erosion and evidence for an intracellular niche – exploring the biology of mycoplasmas in Atlantic salmon.Aquaculture, 736772 (2021). DOI: https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2021.736772
- Kazlauskaite, R., Cheaib, B., Heys, C. et al. SalmoSim: the development of a three-compartment in vitro simulator of the Atlantic salmon GI tract and associated microbial communities. Microbiome 9, 179 (2021). https://doi.org/10.1186/s40168-021-01134-6
- Cheaib, B., Seghouani, H., Llewellyn, M. et al. The yellow perch (Perca flavescens) microbiome revealed resistance to colonisation mostly associated with neutralism driven by rare taxa under cadmium disturbance. Anim Microbiome3, 3 (2021). DOI: https://doi.org/10.1186/s42523-020-00063-3.
- Cheaib B., Seghouani, H., Ijaz, U.Z. et al. Community recovery dynamics in yellow perch microbiome after gradual and constant metallic perturbations. Microbiome8, 14 (2020). DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-020-0789-0
- Cheaib B., Heys C, Busetti A., Kazlauskaite R., Maier L., Sloan W, Ijaz. U.Z, Kaufmann J., McGinnity P., and Llewellyn L. Neutral processes dominate microbial community assembly in Atlantic salmon, Salmo salar. AppliedandEnvironmental Microbiology Feb 2020, AEM.02283-19; (2020) DOI: 10.1128/AEM.02283-19. DOI: https://doi.org/10.1128/AEM.02283-19
- Cheaib B., Leblouc, P-L. Mercier, F.Brochu and N. Derome. Taxon-Function Decoupling as an Adaptive Signature of Lake Microbial Metacommunities Under a Chronic Polymetallic Pollution Gradient.Frontiers in Microbiology; (2018); 9: 869. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00869
Lienhard Leibolt | Techniker | ||
Selina Meyer | Techniker | ||
Andrew Tony-Odigie | Post-doc |
Lungenforschung - Projekte
1. Mukoviszidose Monitoring (CF) - Mikrobiom
Ziel: Monitoring der Entwicklung und Dynamik des Mikrobioms bei Patienten mit CF und Nicht-CF Bronchiektasen
Identifizierung von Umweltfaktoren (Luftqualität, Aerosole, Allergene, Infektionserreger) und Lebensstilfaktoren, die die Effizienz der medizinischen Behandlung von CF und Bronchiektasen maßgeblich beeinflussen.
Kooperationspartner: Dr. med. Olaf Sommerburg, Dr. Sebastien Boutin
2. Immunmodulatoren Behandlung - Mikrobiom
Unsere Aufgabe in dieser Zusammenarbeit ist es, die Auswirkungen der Behandlung mit Immunmodulatoren auf die Struktur und Funktion der Mikrobiota der Lunge bei Patienten mit Mukoviszidose zu bestimmen.
Ziel: Effekt von Anakinra auf das bronchiale Mikrobiom bei zeitgleicher Behandlung mit spezifischen Immunmodulatoren.
Kooperationspartner: PD Dr. med. Olaf Sommerburg
3. COPD-Diagnostik - Mikrobiom
Ziel: Erforschung des Mikrobioms in den Lungenbronchien vor und nach endoskopischen Eingriffen bei chronisch obstruktiver Lungenerkrankung (COPD) und Bewertung des Einflusses der Zusammensetzung des Lungenmikrobioms auf das Metabolomprofil im Blut.
Kooperationspartner: Dr. med. Judith Brock
4. Tubomic - Mikrobiom
Ziel: Beurteilung des Einflusses von zwei endotrachealen Druckmessmethoden auf das pulmonale Mikrobiom von beatmeten Intensivpatienten.
Kooperationspartner: Dr. med. Mascha Fiedler
5. Akutes Atemnotsyndrom (ARDS)-Mikrobiom
Ziel: Mikrobiom-Fingerabdruck als prognostisches und diagnostisches Instrument für eine präzise Versorgung von ARDS Patienten.
Kooperationspartner: Dr. med. Felix Schmitt, and Dr. Kevin Tourelle.